A monda szerint László király vadászat során megpillantott egy szarvast, ami emberi hangon szólt hozzá. Isten küldte hozzá az angyalt. László térdre borult és megkérdezte az angyalt, hogy mi az ő istenének kívánsága. A hírhozó így válaszolt: “Építs ezen a helyen templomot, hogy legyen miben imádjanak a népek. S ha majd felépült a templom, holtod után abban legyen a te testednek nyugodalma.”

Így az 1070-es évektől megkezdődött az építkezés, amely 1091-ig tartott. 1091-ben László király jelenlétében szentelték fel a Szent Egyed bencés monostort és bazilikát. Az akkori Magyarország legnagyobb benedek-rendi monostora volt. A Kupavárhegyen végzett ásatások egyértelműen bizonyították, hogy a monostor körül valószínűleg csak a 12. században épült várfal. A király, hogy Nyugat-európai kapcsolatot teremtsen a franciaországi Saint Gillesből hozatott be bencés szerzeteseket és egészen a 13. század elejéig csak francia szerzetesek éltek a monostorban.

Az apátság a kor egyik legnagyobb és legelegánsabb létesítménye volt, román stílusban építve, hozzávetőleg 2,5 hektáron terült el. A román stílusú bazilikát és a kora gótikus kolostort többször átalakították.

1204-ben egy hatalmas tűzvész során a bazilika és a kolostor is súlyosan megrongálódott.

1241-42 telén átvonultak a tatár csapatok Somogy vármegyén kifosztogatva, pusztítva az útjukba eső falvakat. Szerencsére a monostor épületeiben nem tettek kárt.

A kolostort és a templomot hozzávetőlegesen a 16. századig használta a rend. A török veszély erősödésével végvárrá kezdték el átépíteni, a főkapukat, ablakokat befalazták, a templomtornyokból bástyákat alakítottak ki. Az 1543-ban ideérkező török csapatok azonban megostromolták és kifosztották az apátságot. Innentől a törökök erődítményül használták az épületeket, majd az egykor pompás kolostorépület és a templom lassan az enyészeté lett.

1556-tól a somogyvári apátság elhagyatott hely lett, amelyet a lakosság és a birtokosok folyamatosan romboltak és pusztítottak. Kőbányaként használták, köveit a 19. században a környező községek házaihoz elhordták.

Széchenyi Lajos gróf 1825 és 1855 között megtisztíttatta a romterületet és kiásatta az ispáni vár falainak egy részét, majd csaknem egy évszázadra feledésbe merült a feltárás.

Az apátság régészeti feltárását 1972-ben kezdték meg Bakay Kornél professzor vezetésével. A munka közel két évtizedig tartott. Az alapítás 900. évfordulóján 1991-ben nyitották meg a romokat a látogatók előtt.

1993-tól méltán volt hazánk harmadik történelmi emlékhelye Mohács és Ópusztaszer mellett.

A parlament a kulturális örökség védelméről szóló törvény módosításával megalkotta a nemzeti, történelmi emlékhelyek fogalmát. A döntés értelmében 11 magyarországi helyszín vált nemzeti emlékhellyé, így 2011-től Somogyvár-Kupavár Nemzeti Emlékhely lett.